2000年前，艾尔迪亚部落里有个叫尤弥尔的少女，她是一个奴隶。有一天她将部落里圈养起来的猪放走，从而遭到了奴隶主弗利茨王的放逐。在逃亡的过程中，她不幸跌入一颗大树树洞的水潭里，在水潭中，一只长长的虫子贴合到她脊椎中，于是尤弥尔获得了变成巨人的能力。第一个巨人由此诞生，也是我们所说的始祖巨人。始祖巨人尤弥尔回到了弗利茨王身边，继续为艾尔迪亚部落效力。

她开垦了荒地、开辟了道路、架设了桥梁；同时她也是征战马莱部落的武器。作为回报，她可以留在弗利茨王身边，并为弗利茨王生育子嗣。有一天，在一场典礼上弗利茨王受到偷袭，尤弥尔替弗利茨王挡箭身亡，而那一天刚好是尤弥尔变成巨人的第13年。弗利茨王为了巨人之力能够延续下去，他命令尤弥尔的三个女儿吃掉了尤弥尔的尸体。出乎预料的是，巨人之力真的就这么传承了下来。

自此以后，两千年的光阴里繁衍出了无数的尤弥尔子嗣，而他们都是拥有巨人之力的人。只不过变成巨人后，拥有特殊能力且保留人类意志的巨人只有九位，他们并称为九大巨人，而其中一位依然保留着始祖巨人的核心能力。当变成巨人的时候，巨人之力的持有者会感觉到有一条看不见的道路，组成巨人的血肉和骨骼会从道路传到自己的身体上。而千万条道路的交汇处，那便是坐标，也就是始祖巨人控制的地方。获得九大巨人之力之时，这些人的寿命便缩短为13年。而其它的人则是会变成没有个人意识，只能听从命令的无垢巨人。当然九大巨人之力是可以继承的。当一个无垢巨人吸收掉九大巨人的脊髓液之后便会变回人类，而九大巨人之力和前任宿主的记忆也会继承到这个新任宿主身上。否则，13年的寿命结束后，巨人之力会随机的进入一位刚出生的艾尔迪亚婴儿体内。

在巨人之力的威慑下，艾尔迪亚部落最终征服了世界，始祖巨人之力也在弗利茨王族中代代相传。直到始祖巨人传到了145代，145代王认为千百年来艾尔迪亚人带给世界的只有战争和毁灭，他认为艾尔迪亚人是罪恶的。他与战锤巨人一同策划，将帝国的主宰权交给马莱人，然后自己带领一部分艾尔迪亚人出走了大陆旁边的岛。他与自己身体中的始祖巨人立下了不战之约，并创造出数千万个超大型巨人，利用巨人的硬质化建立了三道围墙。他同时威胁墙外世界，若墙内的生活被干扰，他会发动地鸣：放出城墙中的巨人们踏平整个世界。墙内人称145代王为初代王。初代王利用始祖巨人之力篡改了艾尔迪亚人的记忆，使他们在墙内安居乐业的生活了一百年。

另一方面，没有了始祖巨人的力量权衡，艾尔迪亚帝国逐渐瓦解，马莱人建立起马莱帝国，并掌握了九大巨人中的六个。而剩下未到墙内的艾尔迪亚人则被马莱帝国驱赶至收容所，他们只能在收容所受监控的生活，如果有谁触犯铁则，就被送往“乐园”。有一天，一位叫格里沙·耶格尔的人不听母亲的劝阻，脑子一热便带着妹妹跑出了收容所去看飞艇。后来自然被马莱士兵发现并面临惩罚，哥哥一马当先说妹妹的惩罚也由他承担。于是一个马莱士兵带妹妹回收容所，而哥哥被另一个马莱士兵狠狠地踢了一脚以作惩罚。

回到家后发现妹妹并没有回家。后来得知妹妹被马莱士兵放狗咬死。格里沙·耶格尔对马莱帝国的憎恨与日俱增，他加入了艾尔迪亚复兴会，誓要推翻马莱帝国重建艾尔迪亚。艾尔迪亚复兴会在马莱政府内线“枭”的情报下正如火如荼的发展，格里沙·耶格尔作为热血青年自然也被复兴会中其他成员看好，并在其中成为举足轻重的人物。他认识了一位拥有王族血统的艾尔迪亚妹子，他们结了婚并生下了儿子吉克。那一天，马莱帝国开始在艾尔迪亚少年中挑选马莱战士作为兽之巨人候选人，格里沙想让他儿子吉克参加，如果能获得巨人之力，那么对艾尔迪亚的复兴非常有利。一次意外，吉克得知马莱政府早已掌握了艾尔迪亚复兴会的存在，在明知是死的情况下，吉克选择了出卖父母以保全自己和爷爷奶奶。

从那天起，吉克心中便期望有那么一天可以消除世界对艾尔迪亚的憎恨。在吉克的揭发下，这些艾尔迪亚复兴会成员们自然被马莱政府送到了乐园。原来所谓的乐园，就是当初艾尔迪亚人出走的那个岛，而马莱人也早已经通过巨人的脊髓液研制出能让人变成无垢巨人的药剂。而这些送往乐园的人会被注射变成只会吃人的无垢巨人，然后永远的在小岛游荡，或者死亡。看着自己的妻子和朋友都变成了无垢巨人，格里沙万念俱灰。就在格里沙的生死关头，枭出现了。他变成了巨人杀掉了这支马莱小分队所有人。原来那天看飞艇时抓住他的马莱士兵就是“枭”。枭的真正名字叫 艾伦·克鲁格。枭的寿命将至，他希望格里沙能够接替自己，进入墙内夺回始祖巨人，利用始祖巨人的力量将艾尔迪亚人从世界的憎恨中解救出来。弗利茨王族是不会反抗的，因为当他制造围墙的时候就决定了带领族人在墙内等待毁灭。所谓不战之约，就是始祖巨人的力量只能在王族血统人内使用，但是王族血统的人获得始祖巨人的力量后也会被145王的消极思想所支配。枭把这个使命和巨人之力交托给了格里沙。九大巨人各有其名，这个为自由而战的巨人叫做进击的巨人。

格里沙·耶格尔进入了墙内，在里面成了家，生下了艾伦。而马莱政府也派出了4位拥有巨人之力的少年，任务是进入墙内夺取始祖巨人之力。或许是这4位少年经验尚浅，在面临突如其来的无脑巨人时竟乱了分寸，其中一位少年被无脑巨人吞噬。得到巨人之力后，这位在小岛徘徊了60年的无脑巨人终于变回了人类，她就是后来的104期成员尤弥尔。剩下的三位便是女巨人、超大型巨人、铠巨人。格里沙在墙内暗中调查，终于发现了王族人的居所，始祖巨人近在咫尺他却迟迟下不去手。不知为何，儿子艾伦的声音在他耳边响起，在这声音的鼓励下他狠下了心变身巨人吃掉了始祖巨人，王族人也被他屠戮殆尽。

很快，玛利亚之墙被超大型巨人和铠巨人摧毁，墙内人类失去了1/3的领土。那一天，艾伦眼睁睁的看着自己的母亲被巨人吞噬，他暗自发誓：一定要将这些敌人从世界上驱逐。格里沙·耶格尔在幸存者营地找到了儿子艾伦，含泪将使命和巨人之力托付给了艾伦，嘱托艾伦一定要夺回玛利亚之墙，一定要进入自家地下室，那里有很重要的东西。对墙内人来说最宝贵的，这个世界的真相。随后便将巨人之力传承给了艾伦。艾伦、三笠、艾尔敏、萨沙、尤弥尔、克里斯塔、莱纳、贝尔托特、让、柯尼等人作为104期新兵加入了调查兵团。这段期间，艾伦掌握了变身巨人的能力，而随着女巨人阿尼被擒，莱纳和贝尔托特居然是破坏玛利亚之墙的始作俑者。同时雷耶斯王族的真相也逐渐浮出水面。调查兵团扶持希斯特里亚登上王位，顺理成章的夺回了政治的主权。玛利亚之墙夺还计划随即重启。调查兵团组成的208人的队伍，承载着人民的希望上路，前往破墙开始的地方----玛利亚之墙的希甘希纳区，也就是艾伦的故乡。希甘希纳区内外调查兵团与野兽巨人吉克、超大型巨人贝尔托特、铠之巨人莱纳、车力巨人皮克及被控制的无脑巨人展开战斗。

在战斗中，吉克与艾伦相见，看到艾伦，吉克心中的计划终于可以实现。最终，调查兵团以牺牲199人为代价获得胜利，兽之巨人吉克被利威尔兵长击败，铠之巨人莱纳被三笠等人击败，而艾尔敏则获取了超大型巨人的能力。吉克、莱纳等人仓惶逃回马莱大陆。随后调查兵团前往了格里沙·耶格尔家，也就是艾伦家的地下室获取了墙外世界的真实面貌。凯旋而归的人们接受了女王希斯特里亚的授勋，艾伦在接触女王手的一瞬间似乎过去的、未来的记忆开始并行出现，那就是进击的巨人的力量。一年以后，调查兵团探索到了帕拉迪岛的边缘，那是一片大海。调查兵团的成员们感受到了从未体验过的、自由的感觉。此时艾伦指着大海问大家：大海的另一边，是敌人，倘若我们把敌人杀光，就能获得自由吗？自玛丽亚墙内战役失败后，马莱军方已经意识到现在的帕拉迪岛不是从前那个帕拉迪岛了，没有弗利茨王族的约束，帕拉迪岛上的“巨人”又开始威慑着全世界。

在之后4年的时间里，在吉克帮助下，帕拉迪岛的科技水平突飞猛进并不断与外部世界缩短差距。而这4年中，马莱也一直策划对帕拉迪岛发起进攻，目的是夺回始祖巨人，一方面可以继续增加巨人的力量，另一方面可以彻底解决掉帕拉迪岛的威胁。那一天，战锤巨人家族造访马莱政府，并与军方协商进攻帕拉迪岛的事宜。而马莱政府内相关的动作都被吉克透露给了调查兵团，调查兵团也在策划着对马莱进行奇袭。那一晚，马莱政府协同战锤巨人家族在艾尔迪亚收容区展开了一场祭典，并在祭典上对帕拉迪岛进行了宣战。祭典过程中，潜伏的艾伦突然变身为进击的巨人，并血洗了会场。此时帕拉迪岛的部队现身，在团员们的高度配合下，艾伦成功吃掉战锤巨人，吉克也佯装假死被调查兵团带回帕拉迪岛。不过计划并没有太过顺利，在返回帕拉迪岛的飞艇上，马莱战士候补生贾碧和法尔科通过立体机动装置也来到飞艇上，并开枪击中104期成员萨沙。萨沙殒命。返回帕拉迪岛后，贾碧和法尔科被关押。艾伦由于在马莱的擅自行动也被关押，而吉克，由于岛内势力对他并不是很信任，则由兵长利威尔负责单独看守。

自艾伦看到未来的记忆后，艾伦明白了自己的使命，也对自己接下来要做的事情一清二楚。艾伦利用战锤巨人的能力逃出了地牢，并与自己亲信耶格尔派碰面，他现在需要寻找吉克。吉克此时被利威尔囚禁在巨木森林等待高层的命令。利威尔迫切的想杀掉吉克，而吉克迫切的想摆脱控制与艾伦碰面。自他与帕拉迪岛联手以来，就不断地往帕拉迪岛运输掺有自己脊髓液的马莱红酒。未参与马莱奇袭战的兵团干部与士兵统统喝了吉克的脊髓液，此时吉克一声巨吼，巨木森林的100名士兵变成巨人朝利威尔扑来。一番厮杀，吉克再次被利威尔击败。绝望的吉克殊死一搏，强行引燃雷枪，自己身体被炸的四分五裂，而利威尔也被炸飞。吉克弥留之际见到了一位少女。他被少女带到一片沙漠，沙漠的上空飘着几道极光，极光在一望无际的前方汇聚。那便是坐标之力的道路。此时马莱的部队也抵达到帕拉迪岛，双方势力交汇在希甘希纳区。希甘希纳区的战场，艾伦依靠战锤巨人的能力，以一人之力与鄂之巨人、铠之巨人、车力巨人周旋。在车力巨人与反巨人炮加持下，艾伦最终败下阵，此时野兽巨人吉克赶到。原来吉克在弥留之际见到的少女便是始祖巨人尤弥尔，尤弥尔在坐标道路上依靠沙子修复了吉克的身体。如今王族血统持有者和始祖巨人持有者就在眼前，为了不让他们解开不战之约，马莱势力开始拼了命的阻止他们接触。吉克一声怒吼，所有喝过红酒的人全部变成巨人，包括法尔科。在巨人的掩护下艾伦即将抵达吉克的位置。而法尔科也吃掉了鄂之巨人。此时一旁的贾碧拿起步枪，一枪击飞了艾伦的头。艾伦的头不偏不倚的落到吉克的手上。

那一瞬间，艾伦就像开启上帝视角，一切尽收眼底。坐标道路中，天空上的极光汇聚的交点处，一道光束落到地上，就像一颗发光的大树。吉克的理想终于可以实现。吉克自小以来便希望艾尔迪亚的憎恨从世界上消失，玛丽亚之墙夺还战中第一次见到自己的亲弟弟。如果自己的王族血统加上弟弟艾伦的始祖巨人能力，便可解开不战之约。利用始祖巨人的能力改变艾尔迪亚人的身体结构使人们绝育，百年之后世界上便再也没有艾尔迪亚人了。艾伦拒绝了吉克的提议，两兄弟在坐标道路上产生了分歧。坐标道路中是没有时间的，现实的一瞬间在道路中可能是数千年，现实的数千年在道路中可能只是一瞬间。道路上的尤弥尔就像是个无个人意志的少女，在这无尽的时间里，她只知道听从弗利茨王族的命令，如果有需要，就在这里用沙子砌成一个又一个的巨人，通过坐标之力传送到现实艾尔迪亚人的身体上。最终艾伦唤醒了她，尤弥尔的意志得到解放。

现实世界中，艾伦掉落的头突然长出一条长脊椎并连接到身体上，城墙逐渐坍塌瓦解，组成城墙的巨人开始朝海的另一头行动，地鸣开启了。与城墙一起瓦解的还包括女巨人阿尼的硬质化水晶。巨木森林的河边，韩吉救起重伤的利威尔。城中阿尼与104期成员相遇。他们有一个共同的目标，找到艾伦，阻止地鸣。在东洋人的帮助下，这支小队乘上飞机，追逐着巨人的步伐朝大海的另一边驶去。马莱大陆上，军队早已做好一切部署，他们看到了巨人在海中朝着这边走来，巨人群中，有个无比巨大的、就像虫子一样仅靠骨骼向前蠕动的巨人，那是进击的巨人。所有的人，建筑，树木都被巨人一踩而过。墙外的一切，被地鸣毁于一旦。104期成员们终于抵达了进击的巨人所在之处，他们落到进击的巨人骨骼上开始寻找艾伦。此时艾伦召唤出了历代的九大巨人，104期的成员们与历代九大巨人展开战斗。而阿尔敏则被艾伦困在了坐标道路上。

坐标道路上，阿尔敏看到了无精打采的吉克。阿尔敏说服吉克，一起想办法离开这里，阻止艾伦。吉克被阿尔敏打动，此时道路上九大巨人历代持有者们出现。在他们的帮助下，阿尔敏离开了坐标道路。阿尔敏变身超大型巨人，利用变身产生的爆炸炸毁了进击的巨人。巨人之力的源头，也就是2000年前贴合在尤弥尔背部的那条虫子出现。此时倒下的进击的巨人重新站起来，与阿尔敏展开搏斗。最终三笠在进击的巨人嘴巴里找到了艾伦，斩断了连接艾伦头的脊椎。

就这样，巨人之力源头的虫子被消灭，所有巨人之力都消失了，变成了巨人的人也恢复了原貌。巨人之力彻底从世界上消失了。墙外世界的幸存者仅剩20%。随后世界秩序重建，人与人之间的憎恨重新开始。岛上在狂热的耶格尔派的带领下不断完善军备以应对未来可能会发生的战争。三笠带着艾伦遗物回到了当年一起拾柴火的山坡上。巨人的故事结束。